El CITA dispone de una serie de órganos de dirección y asesoramiento y de una estructura organizativa.

Los órganos de dirección el centro son:

  • Consejo Rector
  • Dirección Gerencia

Los órganos de asesoramiento son:

  • Comité Científico 
  • Comisión de Dirección  

El Centro tiene además la siguiente estructura organizativa:

Dirección Gerencia: Incluye la Dirección de Investigación, la Dirección de Gestión, el Área de Infraestructuras, y  la Estación de Examen Técnico DHE.

Dirección de Investigación: Incluye  las unidades de I+D que se subdividen en:

Además, están actualmente adscritas a la Dirección de Investigación las siguientes áreas de apoyo a la investigación:

La Dirección de Gestión  incluye las siguientes secciones: 

  • Seccion de gestión económica y contratación
  • Sección de personal, registro y asuntos generales
  • Área de Informática y Telecomunicaciones