La Unidad de Protección Vegetal está compuesta por un equipo de investigación multidisciplinar (entomología, malherbología, micología, bacteriología y virología) cuyas actividades se dirigen a aportar conocimiento sobre la naturaleza y dinámica de los ecosistemas agrícolas, contribuyendo a la caracterización de su biodiversidad natural y al estudio de las interacciones biológicas y ecológicas entre las especies de interés productivo (los cultivos) y las especies silvestres (incluyendo la flora arvense, las plagas, las enfermedades y las especies potencialmente beneficiosas). 

Sus principales objetivos son conocer los factores que determinan la proliferación y distribución de plagas, enfermedades y malas hierbas y optimizar técnicas para un manejo integrado del ecosistema agrícola basado en el aprovechamiento de su propia biodiversidad, que permita el control de plagas, enfermedades y malas hierbas, reduciendo los costes y el impacto ambiental de la actividad agrícola.
 
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