El CITA dispone de una serie de órganos de dirección y asesoramiento y de una estructura organizativa.

Los órganos de gestión del centro son

  • Los órganos de dirección: El Consejo Rector, la Comisión Permanente y el Director Gerente.
  • El Comité científico, como órgano de asesoramiento.

El Centro tiene además la siguiente estructura organizativa:

Dirección de Investigación: Incluye la unidad de gestión de infraestructuras y las unidades de I+D que se subdividen en:

Además, están actualmente adscritas a la Dirección de Investigación las siguientes áreas de apoyo a la investigación:

La Dirección de Gestión, que incluye las siguientes secciones: 

  • Seccion de gestión económica y contratación
  • Sección de personal, registro y asuntos generales